Đầu năm 2004, chính phủ Úc dưới quyền điều hành của Đảng Lao động và Bob Carr đã giải tán các ủy viên hội đồng và tiến hành sáp nhập Hội đồng thành phố Sydney và Hội đồng Nam Sydney. Động thái này đầy bất ngờ khi nữ thị trưởng lúc đó là Lucy Turnbull (phu nhân nghị viên Tự do Malcolm Turnbull) nhận được bản fax quyết định trên. Quyết định này được giới truyền thông cho là một nỗ lực đưa ứng viên Công đảng Michael Lee, một cựu bộ trưởng chính phủ liên bang, nắm giữ chức thị trưởng với tham vọng thu hút cử tri ủng hộ Công đảng. Tuy nhiên, nhiều khu vực bầu cử vẫn chung tay ủng hộ Clover Moore.

Khi Turnbull tuyên bố không chạy đua trong cuộc bầu cử, Lee dường như chắc chắn đã giành được chiến thắng. Vào ngày 24 tháng 2, Moore nhảy vào cuộc đua, tố cáo việc giải tán các hội đồng thành phố là bất chấp đạo lý và chỉ trích việc truất quyền bà Lucy Turnbull vốn được bầu cử một cách dân chủ, mặc dù Moore và Turnbull có nhiều quan điểm tư tưởng khác nhau. Ngay ngày hôm sau, tờ The Sydney Morning Herald đưa ra dự đoán Clover Moore sẽ là đối thủ đáng gờm của Lee[8].

Mặc dù Lee nhận được sự ủng hộ của đông đảo giới doanh thương, Moore vẫn giành chiến thắng trong cuộc bầu cử. Bà giành gấp đôi số phiếu cần thiết so với đối thủ.

Tại cuộc bầu cử hội đồng ngày 13 tháng 9 năm 2008, Moore tiếp tục được bầu giữ chức thị trưởng Sydney một lần nữa[9].

Hoạt động và chính sách

Giữ chức thị trưởng, Clover Moore đã lập Quỹ lương mang tên chính mình để quyên tặng thành phố nhằm giúp đỡ những người khó khăn và cổ vũ cho phúc lợi động vật. Tính đến tháng 10 năm 2014, Quỹ này đã ủng hộ số tiền lên tới 1.230.000 đô la Úc cho các tổ chức từ thiện trong thành phố.

Năm 2006, đạo luật do bà đề xuất buộc công khai các hợp đồng giữa chính quyền với tư nhân được thông qua tại cả hai viện của Quốc hội tiểu bang.

Tiết kiệm năng lượng

Dưới sự quản lý của Clover Moore, thành phố Sydney hướng đến giảm lượng phát thải carbon 70% đến trước năm 2030. Thành phố cho xây dựng làn dành riêng cho xe đạp, nâng cấp đội xe sử dụng năng lượng kép, trồng mới hơn 10.000 cây xanh, cung cấp thêm hơn 600 chỗ đậu xe dùng chung trên đường, lắp đặt hệ thống quang năng lớn nhất Sydney, lắp đặt hệ thống thu gom nước ở 11 công viên lớn và xây mới hai nhà máy đồng phát năng lượng.

Xây dựng và cơ sở hạ tầng

Từ khi làm thị trưởng, Moore đã thúc đẩy hoàn thiện nhiều công trình xây dựng và cơ sở hạ tầng.

• Cung thể thao dưới nước Ian Thorpe (trước đây là cung thể thao dưới nước Ultimo) của kiến trúc sư Harry Seidler
• Thư viện Surry Hills bởi FJMT (Francis-Jones Morehen Thorpe)
• Công viên Redfern bởi BVN (Bligh Voller Nield)
• Vịnh Rushcutters: khán đài và khu kiosk bởi Lacoste+Stevenson
• Công viên Pirrama ở Pyrmont bởi ASPECT Studios
• Cải tạo công viên hoàng tử Alfred gần ga xe lửa Central bởi Rachel Neeson và Nick Murcutt
• Khu lễ Burton Street Tabernacle

Ngoài ra còn có hàng loạt công viên ở các khu Glebe, Pyrmont, Surry Hills, Rosebery, Vịnh Elizabeth và St Peters và khai trương hệ thống đường dành cho xe đạp mới cho Sydney.